CNAM-Projekt (SS 2012)

CNAM-Projekt:

Ontologie f√ľr die Krebsforschung

 

Dieses CNAM-Projekt Systementwicklung wird im Kooperation mit dem Deutschen Krebsforschungszentrum Heidelberg (DKFZ) durchgef√ľhrt. Das DKFZ ist mit mehr als 2.500 Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern die gr√∂√üte biomedizinische Forschungseinrichtung in Deutschland. Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler erforschen, wie Krebs entsteht, erfassen Krebsrisikofaktoren und suchen nach neuen Strategien, die verhindern, dass Menschen an Krebs erkranken. Wie Forscher aller Fachrichtungen sind Krebsforscher darauf angewiesen, stets auf dem neusten Stand der Forschung zu sein. Bei tausenden von neuen Publikationen j√§hrlich ist das aber kaum m√∂glich.

Ziel: Relevante, komplexe Forschungsfragen recherchieren

Publikationsdatenbanken wie PubMed erlauben die klassische Volltext- und Schlagwortsuche nach aktuellen Artikeln. Aber wie bei jeder einfachen Schlagwort-Suche sind die Treffer oft irrelevant - hier muss der Wissenschaftler lesend weiterrecherchieren. Eine relevante Frage wie z.B. "Welche Marker wurden in ... bezogen auf ... bisher gefunden?" kann nicht beantwortet werden. Dies (prototypisch) zu ermöglichen ist das anspruchsvolle Ziel dieses Projekts.

Dabei sollen Ontologien und Techniken des Semantic Web eingesetzt werden. Was ist daf√ľr zu tun?

Aufgaben

  • Erhebung von relevanten Fragen bei der Recherche von Forschungsergebnissen im Bereich Krebsforschung / Pancreas-Krebs
  • Evaluation von Biologie- / Medizin-Ontologien in Bezug auf diese Fragen
  • Auswahl und Implementierung eines Ontologie-Schemas
  • Erstellung von Ontologie-Fakten aus Publikationen des DKFZ bzw. anderer Forschungseinrichtungen
  • Entwicklung von Ontologie-Queries f√ľr f√ľr die selektierten Fragen
  • Auswertung der Qualit√§t der Antworten

 

Organisation

  • Projektlaufzeit: 13.3 ‚Äď 13.7.2012
  • Projekttreffen Dienstags und (i.d.R. zweiw√∂chentlich) Freitags, jeweils 18:00 - 21:00 in D19/07.
    Genaue Termine werden am 13.3. abgestimmt
  • Workshops mit Mitarbeitern des DKFZ nach Abstimmung

 

Material

Termine

Tag Datum Projekt Tag Datum Projekt
Di.,  13.03.2012 Projekt Fr.,  16.03.2012 Projekt
Di.,  20.03.2012 Projekt Fr.,  23.03.2012 ./.
Di.,  27.03.2012 Projekt Fr.,  30.03.2012 Projekt
Di.,  03.04.2012 ./. Fr.,  06.04.2012 ./.
Di.,  10.04.2012 ./. Fr.,  13.04.2012 ./.
Di.,  17.04.2012 Projekt Fr.,  20.04.2012 Projekt
Di.,  24.04.2012 Projekt Fr.,  27.04.2012 ./.
Di.,  01.05.2012 ./. Fr.,  04.05.2012 Projekt
Di.,  08.05.2012 Projekt Fr.,  11.05.2012 Projekt
Di.,  15.05.2012 Projekt Fr.,  18.05.2012 ./.
Di.,  22.05.2012 Projekt Fr.,  25.05.2012 Projekt
Di.,  29.05.2012 Projekt Fr.,  01.06.2012 Projekt
Di.,  05.06.2012 Projekt Fr.,  08.06.2012 ./.
Di.,  12.06.2012 Projekt Fr.,  15.06.2012 Projekt
Di.,  19.06.2012 Projekt Fr.,  22.06.2012 ./.
Di.,  26.06.2012 Projekt Fr.,  29.06.2012 Projekt
Di.,  03.07.2012 Projekt Fr.,  06.07.2012 Projekt
Di.,  10.07.2012 Projekt Fr.,  13.07.2012 ./.